Tahun Ajaran 2020-2021 dimulai Senin 13 Juli 2020. Masih dalam kondisi pandemi covid-19, Al Kausar Boarding School memulai tahun ajarannya dengan menyelenggarakan pembelajaran jarak jauh (PJJ) hingga 31 Juli 2020. Untuk selanjutnya mulai 1 Agustus 2020 secara bertahap siswa hadir di kampus Al Kausar untuk mengikuti pembelajaran langsung tatap muka di kelas. Kedatangan siswa Al Kausar dijadwal bergelombang yakni 1 Agustus untuk kelas 10, 2 Agustus kelas 7, dua pekan selanjutnya tanggal 15 Agustus untuk kelas 12, 16 Agustus kelas 9, kemudian 29 Agustus kelas 11, dan 30 Agustus kelas 8. Kedatangan siswa secara bergelombang sebagai upaya meminimalisir kemungkinan menyebar virus corona sebagai bagian dari protokol kesehatan yang dijalankan sekolah.

Ahad, 12 Juli 2020 kemarin siswa-siswi baru kelas 7 dan 10 secara resmi sudah diserahterimakan dari orang tua masing-masing kepada pihak sekolah dalam acara Serah Terima yang dilaksanakan secara virtual. Pimpinan sekolah dan guru-guru yang terkait hadir langsung dalam agenda tersebut di auditorium, sementara guru lain, siswa, serta orang tua mengikutinya dari tempat tinggalnya masing-masing. Acara dimulai dengan pembacaan Al Quran, Menyanyikan Lagu Indonesia Raya dan Mars Al Kausar, Sambutan Penyerahan oleh Ibu Farahdhiba dan Bapak Winarso, kemudian sambutan Headmaster sekaligus pengenalan singkat program pendidikan dan pengajaran tahun 2020-2021, dan diakhiri dengan doa bersama.